Celem Niedyrektywnej Szkoły Podstawowej Jonatan jest nie tylko edukacja, lecz również kształtowanie silnego, na miarę swoich możliwości samodzielnego człowieka, radzącego sobie w otaczającym go świecie pełnym wyzwań.
Ideą Niedyrektywnej Szkoły Podstawowej Jonatan jest podążanie za dzieckiem, wsłuchiwanie się w jego potrzeby i odpowiadanie na nie właściwymi metodami i formami pracy w oparciu o nieustannie tworzone i modyfikowane programy własne. Każdy z nauczycieli i specjalistów poprzez swoje działanie stwarza dziecku przestrzeń, w której może ono być sobą, rozwijać się w zgodzie z własnym rytmem, w poczuciu więzi z bliskimi osobami.