Celem funkcjonowania Szkoły Podstawowej Jonatan jest edukacja, która pozostawia trwały ślad i widoczne rezultaty w dalszej przyszłości naszych absolwentów. Nasza szkoła ukierunkowana jest na indywidualny rozwój każdego ucznia. Cała kadra pedagogiczna dba o to, by nasi uczniowie osiągali najlepsze wyniki w nauce, rozwijali swoje zainteresowania, talenty, pasje i aspiracje życiowe. Nie wszystkie uzdolnienia, jakie drzemią w człowieku, ujawniają się od razu. Dzieci często potrzebują czasu, aby odkryć swoje talenty i powołanie.
Szkoła Jonatan nie zmusza, a inspiruje, niczego nie narzuca. Daje czas na decyzje, obserwuje i poznaje. Pozwalamy na eksperymenty i podejmowanie wyzwań, jesteśmy wsparciem i zapewniamy właściwe, zindywidualizowane warunki rozwoju.
Dziesięcioletnie doświadczenie w prowadzeniu palcówek oświatowych dało nam inspirację do stworzenia nowej jakości kształcenia. W myśl za tym powstała koncepcja wydzielenia Szkoły Jonatan na dwa niezależne oddziały edukacyjne, które łącznie dadzą szansę na optymalne kształcenie, wspieranie, rozwój wszystkich dzieci bez względu na potencjał czy predyspozycje.